A Justiça concedeu ao Ministério Público Federal (MPF) uma liminar determinando que o Município de Rafael Fernandes instale o Sistema de Registro Eletrônico de Ponto (SREP) para todos seus servidores da área da saúde, em especial médicos e odontólogos, dentro de um prazo de 60 dias. Uma investigação da Procuradoria da República em Pau dos Ferros constatou que não havia o devido controle por parte da Prefeitura e alguns desses profissionais descumpriam a jornada prevista pelos programas federais, sobretudo o Saúde da Família.

Além do prejuízo aos direitos da população, o desrespeito às cargas horárias poderia resultar na suspensão dos repasses de recursos feitos pelo Ministério da Saúde ao Município de Rafael Fernandes. A ação civil pública, de autoria do procurador da República Marcos de Jesus, aponta que foram “constatadas inúmeras irregularidades no controle do ponto dos servidores públicos da área da saúde”, nas cidades da região do Alto Oeste Potiguar. Uma recomendação foi emitida em maio de 2014 a todos os 38 municípios da área de atuação da Procuradoria em Pau dos Ferros.

Audiências extrajudiciais foram marcadas com prefeitos e secretários de saúde, porém metade dos representantes se recusou a assinar os termos de ajustamento de conduta (TACs) propostos pelo MPF, dentre os quais a de Rafael Fernandes, a secretária de Saúde Desirée Ferreira de Oliveira, que na ocasião representou o prefeito José Nicodemo Ferreira Júnior.